فلما أرادت روح السيد محمد عثمان الأقرب الطاهرة الإنتقال إلى بارئها إنتقل من مدينة سواكن إلى مصر وتوفي رضي الله عنه وأرضاه سنة 1303ه يوم السبت العاشر من شهر ربيع الثاني الموافق السابع من يناير عام 1986م في الديار المصرية ثالث يوم لدخوله فيها بمنزل صنوه الجليل واحد زمانه السيد محمد نجل سرالختم الذي طابت طباعه وسجاياه ، ودفن بتكيته بقبته المدفونون بها أبناؤه أهل الفضل والمزية ، وعمره إذ ذاك تسعة وثلاثون سنة وصار له عند حمله مشهد عظيم يكبر مرآه مقامه بباب الوزير مشهوراً وضريحه هناك يُزار وتنال منه البركات والأسرار والخيرات ، كثير من أعيان مصر يأتون لزيارته فيجدونه قد إنتقل فيرجعون في غاية الحشرة حيث لم يشاهدوه في الحياة الدنيا ، وذلك لما هو بالغ مسامعهم من مآثره الجليلة وأخلاقه الحميدة ، ويقولون لأتباعه إنما المصيبة علينا نحن الذين دخل بلادنا ولم نفز برؤيته ، رآه بعض المحبين له في جزيرة بالبحر وبخارجها بالبر جندي من الغفر ، فسأله : من أنت ؟ ، فقال : أنا أبوالعباس صاحب العلوم اللدنية ، وفي هذه الجزيرة الختم " في كلام طويل" ولا يدخل عليه أحدٌ ولا يأخذ عليه الطريقة إلا بعناية الله ، فإذا الرجل الذي بالجزيرة هو السيد محمد عثمان فطلب أخذ الطريقة هو ومن معه فأعطاهم أياها في حالة سنية ، ورآه أحد محبيه في النوم فقال له : يا سيدي ألم يبلغنا أنك قد توفيت وأنتقلت إلى الدار الآخروية فقال : قال لي : أما قرأت قوله تعالى : ( من عمل صالحاً من ذكر أ و أنثى وهو مؤمن فلنحيينه حياة طيبة ولنجزينه بأحسن ما كانوا يعملون ) ، وكم له من مرآءٍ عالية يجب كتمها لضيق العقول عن إدراك معانيها السنية ، وترك فينا البعضة الصالحة والوراثة النجيبة التي صلح بها الزمان وإستنار خلف بعده نوراه السيد أحمد الميرغني و السيد علي الميرغني .