وسبب تسمية المسجد يعود إلى ان جماعة من المسلمين في عهد النبي - صلى الله عليه وسلم - كانوا يصلونا تجاه المسجد الاقصى واذا بمنادي خلفهم يصيح ويخبرهم بان الوحي قد نزل على النبي -صلى الله عليه وسلم - بتحوبل اتجاه القبلة من بيت المقدس إلى المسجد الحرام. تبعاً لقول الله تعالي (قَدْ نَرَى تَقَلُّبَ وَجْهِكَ فِي السَّمَاءِ فَلَنُوَلِّيَنَّكَ قِبْلَةً تَرْضَاهَا فَوَلِّ وَجْهَكَ شَطْرَ الْمَسْجِدِ الْحَرَامِ وَحَيْثُ مَا كُنْتُمْ فَوَلُّوا وُجُوهَكُمْ شَطْرَهُ وَإِنَّ الَّذِينَ أُوتُوا الْكِتَابَ لَيَعْلَمُونَ أَنَّهُ الْحَقُّ مِنْ رَبِّهِمْ وَمَا اللَّهُ بِغَافِلٍ عَمَّا يَعْمَلُونَ) البقرة 144. وبالفعل قام الصحابة رضوان الله عليهم بتحويل وجهوهم واجسادهم شطر المسجد الحرام بمكة.