وفي ثورة أكتوبر أصدر سيادة السيد علي الميرغني البيان التالي :
{ لقد علمنا بتفصيل ما حدث في العاصمة منذ يوم الأربعاء الماضي وتابعنا باهتمام زائد ما يجري ويحدث ، وأنه ليبعث في نفوسنا الأسى والأسف الشديدين .. ولا شك أن هذا أمر غير مرض وغير باعث على الاطمئنان ، ولا بد من وضع حد لكل ما يثير الشعب. ولهذا كله فإننا نناشد الحكومة أن تعمل على وحدة البلاد وأن تحافظ على شعور الشعب وتحقق أهدافه وعلى الشعب أن يهدأ وأن يستجيب لنداء العقلاء منه ، حتى نصون للبلاد سمعتها وللأمة كرامتها ، وأن يهدف الجميع لخلق نظام ديمقراطي سليم يتفق مع ديننا وتقاليدنا وتراث بلادنا ، لحفظ وحدة البلاد واستقرارها وتقدمها}( ) .
وهكذا كان السيد علي الميرغني حاضراً في كل الأحداث التي مرت على السودان إلى وفاته في عام 1968م حيث سار في جنازته رحمه الله اكثر من مليوني شخص ودفن بالخرطوم بحري في حلة خوجلي .
وكان السيد علي الميرغني قد أصيب بداء في كليته فاستؤصلت كليته وأصبح يعيش بكلية واحدة ، ولذلك جعل لنفسه نظاماً صارماً في الغذاء وحاسب نفسه براحته وفي نومه ويقظته .
ذريته : تزوج السيد على في المرة الأولى من السيدة فاطمة بنت عبدالله المحجوب بن محمد سرالختم بن الأستاذ محمد عثمان الختم ، وأمها نفيسة بنت السيد الحسن أبوجلابية ولم ينجب منها . ثم تزوج من فاطمة بنت السيد جعفر بن السيد بكرى وأمها السيدة زينب بنت السيد محمد عثمان تاج السر بن محمد سرالختم بن الأستاذ محمد عثمان الختم . فأنجب منها السيد محمد عثمان الميرغني والسيد أحمد الميرغني الذي تخرج من جامعة لندن وتخصص في الاقتصاد ومن ثم اصبح رئيسا لمجلس السيادة في السودان عام 1987م .
السيد أحمد الميرغني: هو شقيق السيد علي الميرغني ، ولد في الخرطوم بحري في 1294ه / 1877م وحضر المهدية حيث اجبر على الإقامة في امدرمان مع بقية المراغنة. ثم حضر إلى كسلا عاصمة أجداده واستقر بها ليجدد مسار آبائه فالتف الناس من حوله وعادت للختمية سيرتها الأولى قبل المهدية إلى وفاته في عشية الثلاثاء 15 رمضان 1346ه الموافق عام 1928م.
تزوج السيد أحمد وانجب السيد الحسن والسيد محمد عثمان . أما السيد محمد عثمان فقد سكن في ضاحية شمبات مع أسرته المكونة من زوجته وابنيه الدكتور أحمد والسيد محمد الأمين .اما السيد الحسن بن السيد أحمد فقد ورث خلافة الطريقة الختمية في عاصمة جده السيد الحسن الكبير وانجب من الأبناء يسن وطه والسيد عبد الله الذي ورث خلافة السجادة الختمية في كسلا بعد وفاة والده عام 1987م.